时间:2017年04月19日 10:05:00点击:1354类别:技术开发
ProbeDesigner软件的核心就是x聚体算法。该算法用于评估和任何通用序列之间的杂交稳定性
“x聚体”指的是由算法考虑决定的最小的完美杂交的长度。虽然该程序的默认值是一个4聚体,你可以调整这个参数。 当算法:该x-mer算法开始识别在所选的探针和通用序列之间所有可能产生的x-mer,一个简单的加权方案是用来预测每一个完美的 x-mer混合的稳定性,并为所有的杂交结果总结每个探针与通用序列的交叉反应因子。下面的例子 :
1. 所有的可能的4聚体定义如下:
这里有两个4聚体: TTTC-GAAA and TTCG-CGAA
2. 任何一个x聚体 (以一个典型的4聚体为例) 被计算分值通过一个简单的加权方案。
并且 3.所有的4聚体计算分值真多通用探针序列和设计探针交叉反应因子值
一旦x聚体算法产生所有可能的通用序列的相互交叉反应的结果,NSH算法调用。
1。每个x聚体得分乘以相应的权重因子(1X CE与AP,6X CE放大器的前导,15倍的CE与放大臂)确定探针的NSH评分。有一个结果为每个探针与通用序列的交叉反应。 这个过程是执行一次假设探针是一个CE,一旦假设它是一个LE。在这个例子中,假设我们正在寻找一个ce-amp与所设计探针的交叉反应
NSH 得分 = x-聚体得分 * 权重因子 = 1.375 * 6 =8.25
2. x聚体的分数计算与其他探针NSH相互作用(这意味着x聚体算法也重新的计算探针间的交叉反应)。
楼主@大井装逼男
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